Den wissenschaftlichen Namen verdankt die Chinesische Krokodilschwanzechse dem Berliner Herpetologen Ernst Ahl, der sie 1930 als neue Art, Gattung und Familie beschrieb. Profesor Shin entdeckte auf einer Expedition im Jahre 1928 einige bis dahin völlig unbekannte Echsen und schickte zwei dieser Tiere nach Berlin zur Bestimmung.
Ihm zu Ehren benannte AHL die Gattung Shinisaurus und die Familie Shinisaurídae – also Shin‘s Echse. Der Artname „crocodilurus“ verweist auf die krokodilähnlichen Merkmale der Beschuppung am Schwanz und Rücken.